A Medicina Funcional busca identificar e combater as causas profundas da doença, e vê o corpo como um sistema integrado, e não uma coleção de órgãos independentes dividida por especialidades médicas. Ela trata todo o sistema, e não apenas os sintomas, assim como um jardineiro procurará tratar as raízes da árvore para corrigir quaisquer problemas com o tronco ou folhas. É uma abordagem holística.